Al culminar sus estudios secundarios en el colegio Nuestra Señora de Guadalupe en Lima, ingresó a la Universidad Nacional Mayor de San Marcos, en la cual obtendría dos Doctorados, en Arqueología y algunos años después en Historia.
Fue en dos períodos director del Museo de Arte y también del Museo Nacional de Arqueología, Antropología e Historia del Perú. Primero se graduó de doctor en Arqueología y luego de doctor en Historia. Además ostenta tres Doctorados Honoris Causa, que le han sido conferidos por universidades del país y del extranjero. Por su proficua labor ha sido distinguido con las Palmas Magisteriales en el grado de Amauta, el más valioso galardón que el Estado Peruano confiere por aportes en el campo pedagógico y cultural. En dos oportunidades mereció el Premio Nacional de Fomento a la Cultura. Es Miembro de Número de la Academia Nacional de la Historia, Miembro Honorario del Museo Barbier-Mueller (Suiza), Miembro Científico del Centro Studi Ricerche Ligabue (Italia), Miembro de la Real Academia de la Historia de Madrid, y del Circolo Amerindiano ( Italia). Ostenta condecoraciones de los gobiernos de Bélgica, Austria y Suecia, así como del Gobierno Peruano.Fue el primer Arqueologo en evaluar y publicar estudios preliminares sobre las Momias de Leymebamba, conocidas como de La Laguna de las Momias, nominación oficializada a solicitud de los pobladores de Leymebamba inicialmente que la calificaron de la Laguna de los Cóndores según el nombre que le había dado recientemente Gene Savoy.
Fue el primer antropólogo latinoamericano en recibir la "Medalla Neubergh", que otorga Suecia por aportes en el campo antropológico. Ha realizado investigaciones en Chavín, Arequipa (Chucu), Nazca (Templo Pintado), Lima (Ancón), así como también en la región Amazónica, tanto en la cuenca del río Ucayali como en la del río Madre de Dios. Con particular detenimiento dedica su atención al conocimiento de la cultura Chachapoyas, como lo demuestra su monumental obra que sobre esta cultura ha editado la Universidad Alas Peruanas. En 1988 dirigió la Expedición Guatemalteco-Peruana a la Laguna del Tigre, la que identificó 94 "montículos" o construcciones piramidales mayas en el Petén occidental, que permanecían totalmente desconocidas hasta entonces. Invitado por el Sabio Mircea Eliade, participó en la edición de su Enciclopedia de la Religión con un estudio sobre la espiritualidad andina. Es autor de numerosos libros y monografías, publicados en diversos idiomas. Lima, Mayo del 2006. Es padre de la teoria aloctonista en la cultura peruana.
El trabajo de investigación realizado por Kauffmann Doig-se materializa en numerosas obras publicadas en castellano y otros idiomas. Su libro más difundido se titula "Manual de Arqueología Peruana", con diez ediciones.En 1988 dirigió la Expedición Guatemalteco-Peruana a la Laguna del Tigre, la que identificó 94 "montículos" o construcciones piramidales mayas en el Petén occidental, que permanecían totalmente desconocidas hasta entonces. Invitado por el Sabio Mircea Eliade, participó en la edición de su Enciclopedia de la Religión con un estudio sobre la espiritualidad andina. Es autor de numerosos libros y monografías, publicados en diversos idiomas. Lima, Mayo del 2006
Entre sus aportes científicos destaca la teoría de la gestación y el rostro de la cultura peruana ancestral como surgidas a consecuencia del desequilibrio entre el permanente crecimiento de la población-desde los inicios de la civilización ancestral peruana-y la limitación en costa y sierra de suelos aptos para la producción agrícola, fenómeno adverso al que se suma las cíclicas catástrofes que desata el fenómeno de El Niño (ENOS).
Federico Kauffmann Doig ha sido distinguido con la Beca Guggenheim, como Profesor Visitante de la Universidad de Bonn (Alemania), y condecorado por los gobiernos de Bélgica, de Austria y de su país. Es el primer latinoamericano galardonado con la Medalla Neubergh (Suecia).
Kauffman guarda un recuerdo especial de su maestro Raúl Porras Barrenechea, gracias a él se interesó por la historia. "Aprendí mucho de él porque fui su asistente de cátedra en el curso de Fuentes históricas del Perú, recuerda el investigador.
Por cuestiones políticas, en 1969 es retirado de San Marcos luego de ser acusado de Aprista. "Yo acepte el encargo de Luis Alberto Sánchez para asumir la dirección del Departamento de Estudios Especiales sólo por intereses profesionales", explicó Kauffman Doig.
No sólo las aulas sanmarquinas albergaron a este ilustre peruano. Universidades como la Pontificia Universidad Católica del Perú y la de Lima, esta última desde su creación, también se beneficiaron con sus cátedras. En la Universidad de Bonn, como profesor visitante, durante dos años dictó la cátedra de "Arqueología peruana y americana". Actualmente es el director del Instituto de Investigaciones Arqueológicas, Históricas y Etnográficas de la Universidad Peruana de Ciencias Aplicadas.
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